Dark Shell предлагает вариант альтернативной истории, согласно которому оккупационные силы, занявшие Японию после второй мировой войны, не сумели установить прочную власть, и в создавшемся хаосе появилось множество группировок, претендующих на главенство страной, что привело к неслыханно кровавой междоусобице.

Небольшая группа солдат одной из противоборствующих сторон, отбившаяся от основных сил и бредущая по безлюдной разорённой местности, наталкивается на нескольких молодых женщин-беженок и принимает их под своё покровительство. Понятное дело, военными движет вовсе не гуманизм, а самые плотские побуждения. В пламени войны все привычные моральные устои рухнули, и на глазах у юной Моэ, самой младшей из беженок, разыгрываются до отвращения безобразные сцены. Женщины пытаются любой ценой защитить от утративших человеческий облик солдат девочку, уже в прошлом пережившую насилие, отчего её разум несколько помутился.

События принимают резкий поворот, когда в округе появляется вражеский снайпер, не отстающий от группы и медленно, но верно разящий как насильников, так и их жертв...